Pur non essendo stata concepita come biblioteca "di manoscritti" la Braidense ne possiede una buona raccolta, circa 2000, 350 dei quali medioevali.
I primi appartenevano ai fondi costitutivi, cioè alle biblioteche del conte Carlo Pertusati e della Compagnia di Gesù.
Altri entrarono dopo la soppressione delle congregazioni religiose, voluta da Giuseppe II e poi da Napoleone, come quelli appartenenti alle librerie claustrali della Certosa di Pavia, e del monastero benedettino di Santa Giustina di Padova.
La Sezione manoscritti e rari fu creata da Luigi Lamberti (1759-1813), direttore della Braidense dal 1803, cultore di classici, membro di numerosissime accademie e titolare della cattedra di eloquenza del liceo di Brera, che era già stata del Parini.
Nel 1889 la Biblioteca acquistò all'asta del libraio Ackerman di Lipsia 156 codici che facevano parte del vastissimo materiale raccolto da Carlo Morbio (1811-1881).
Il fondo è costituito da cronache, carteggi, cartolari, raccolte di pergamene che riguardano nella maggior parte Milano e la Lombardia dal sec. XIV alla prima metà del sec. XIX.
I manoscritti, come le opere d'arte, i monumenti, i reperti archeologici sono eredità del passato, e fanno parte del patrimonio culturale del paese.
La loro conservazione e tutela spetta agli organismi pubblici, ma anche privati, che vi sono preposti.
La Braidense, biblioteca storica di richiamo internazionale, ha il duplice compito istituzionale di conservare il proprio patrimonio e di metterlo a disposizione degli studiosi, così da assumere la fisionomia di biblioteca d'uso in grado di garantire lo sviluppo della cultura, senza trascurare la conservazione.
I manoscritti non sono dunque consultabili per pura curiosità ma per fondati motivi di studio.
Biblioteca Nazionale Braidense
Direttore: James M. Bradburne
Direttore Scientifico: Marzia Dina Pontone
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