La Braidense raccoglie numerosi autografi e fondi archivistici di varia importanza e provenienza, fonti preziose di informazione per la storia politica e culturale dei secoli scorsi.
L'imponente collezione (oltre 30.000 documenti) si è venuta formando dal 1829, quando Giovanni Gherardini (1778-1861) medico e filologo milanese donò i manoscritti di Melchiorre Gioia (1767-1829), studioso di statistica.
Fu incrementata nel 1880 con il dono degli autografi dell'Album di beneficenza ideato da Carlo Cameroni (1793-1862), sacerdote e patriota, vice presidente del Comitato centrale pe' soccorsi agli emigrati italiani, pregevole collezione formata, a partire dal novembre del 1856, con l'intenzione di destinare il ricavato della vendita, a sostegno materiale e morale degli emigrati italiani in Piemonte.
Nel 1889 fu arricchita ulteriormente con l'acquisto di alcuni carteggi, che facevano parte del fondo Morbio, fra i quali le lettere di san Carlo Borromeo (1538-1584), di Ludovico Antonio Muratori (1672-1750), di Giuseppe Baretti (1719-1789), di Giuseppe Compagnoni (1754-1833), di Pompeo Litta (1781-1852) e con l'acquisizione nel 1895 delle carte di Francesco Cherubini (1789-1851), autore del noto vocabolario milanese-italiano, cui si aggiunsero quelle dell'Accademia Fisio-medico-statistica di Milano scioltasi nel 1896 , e della Società bibliografica italiana.
Fra le acquisizioni del XX secolo il carteggio di Francesco Novati (1859-1915) composto da circa 13.800 lettere, entrato in biblioteca nel 1916, il carteggio di Augusto Guido Bianchi (1868-1951), circa 500 lettere fra le quali 96 di Giovanni Pascoli (1855-1912), in Braidense dal 1950.
Le carte di Francesco Hayez (1791-1881) acquistate nel 1984.
Fra le acquisizioni più recenti gli archivi di Leopoldo Cicognara (1767-1834), storico dell'arte, con un carteggio di circa 1.000 lettere, donato dal Ministero per i Beni culturali nel 1991, e quello di Luigi Bodio (1840-1920) studioso di statistica, senatore, con un carteggio di circa 11.000 lettere, donato nel 1992 dalla signora Anna Ceresa Cernezzi, nuora di Luigi Cernezzi, genero di Luigi Bodio.